“自身免疫性疾病”不单指某一种疾病，而是至少种疾病的合称。这是许多人对自身免疫性疾病感到困惑的原因。也是许多人不了解自身免疫性疾病或不确定哪些疾病属于自身免疫性疾病的原因。况且，很多病名中并没有“自身免疫”这样的字眼，比如桥本甲状腺炎、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、干燥综合征、乳糜泻和多发性硬化症等。
自身免疫性疾病这几个字并没有体现患病的部位。一些自身免疫性疾病是系统性的，比如系统性红斑狼疮，这意味着受到攻击的是全身的所有组织。一些自身免疫性疾病则具有器官特异性，即患病部位为特定区域器官，比如桥本甲状腺炎就是甲状腺疾病。虽然各种自身免疫性疾病的患病部位不同，但它们的病源相似。事实上，目前有关自身免疫性疾病的研究焦点已从观察受疾病影响的特定器官转向确定这些疾病发生的潜在机制。这些疾病的病源相似——这对我们找到治疗方法至关重要。
多种自身免疫性疾病具有相似的特征。它们都是严重的慢性病，都是因为免疫系统出现问题造成的。此外，它们还有一个共同点，就是会引发炎症，即造成身体内部（包括大脑）出现刺激性反应和肿胀。炎症表现为多种症状，包括疲劳，肥胖，肌肉或关节疼痛，腹部不适（包括腹泻）以及注意力不集中等。有时候，你可能只是有一种难以名状的感觉，尽管医生没发现你的身体有什么问题，但你就是觉得身体不大对劲。
事实证明，许多自身免疫性疾病都有相似的诱因，比如麸质，毒素（包括重金属）、感染和压力等。不同的自身免疫性疾病的主要区别在于免疫细胞针对和攻击的部位和组织不同。从本质上来说，大多数自身免疫性疾病的相同点多于不同点。因此，修复基础系统——从饮食、应激激素、消化道健康和体内毒素水平等方面修复能够治疗自身免疫性疾病。