总的来说，甲状腺结节的治疗取决于其类型和病因。若为良性结节，则定期复查即可，一般每6-12个月复查一次。若结节过大导致压迫症状，出现吞咽或呼吸困难，或结节影响甲状腺激素水平，则需要手术切除。若为甲状腺癌，则需要以手术为主的综合治疗。根据甲状腺结节类型不同，其治疗方法有以下几种：
1、单纯增生性结节性甲状腺肿
一般无需特殊治疗；若是由缺碘引起，可以适当增加碘摄入。患者可6-12月复查一次甲状腺超声和甲功。对于甲状腺明显肿大、有明显压迫症状或怀疑是恶性结节者，可考虑手术治疗。对于有压迫症状、有功能亢进或者部分老年、儿童甲状腺良性结节，可考虑行超声引导下甲状腺结节热消融治疗。
2、毒性结节性甲状腺肿，即高功能腺瘤包括毒性腺瘤和毒性多结节性甲状腺肿
高功能腺瘤长期存在，会发生自主性分泌功能紊乱，患者除了有结节，还同时伴有甲亢。多为良性病变，但不能完全排除恶性的可能，多采用放射性碘或手术治疗。
3、炎性甲状腺结节
亚急性甲状腺炎主要是对症治疗，如抗炎止痛，药物可选择非甾体类抗炎药或糖皮质激素等；桥本甲状腺炎的治疗主要是纠正甲功异常，如合并有甲亢或甲减者，需要相应的内科药物治疗。
4、甲状腺囊肿
囊肿内注射硬化剂（无水酒精）硬化治疗。硬化剂可使囊肿壁发生无菌性坏死，使囊壁粘连、囊腔闭塞，达到缩小囊肿和减轻压迫的目的。
5、甲状腺癌
以手术切除为主，辅以放射性碘治疗和TSH抑制治疗；对于晚期甲状腺癌患者可能需要分子靶向药物激酶抑制剂的治疗。