本病是一种自身免疫性疾病，在多数患者的血清和甲状腺组织内含有针对甲状腺抗原的抗体，主要有甲状腺球蛋白抗体(TGA)、甲状腺微粒体抗体(MCA)、甲状腺细胞表面抗体(FCA)、甲状腺胶质第二成分(CA2)等。前两者具有临床实用价值。目前，该病由于免疫耐受性遭受破坏所致，归纳起来有两点，一是靶器官因某种原因引起抗原性改变，使自已变成“非己”而加以排斥;另一是免疫活性细胞发生突变，抑制T细胞减少，B细胞失却抑制而更活跃，产生过量的抗体。当抗体抗原结合时，形成的抗原抗体复合体掩盖在甲状腺细胞表面，K细胞与之结合而受到激活。K细胞是一种杀伤淋巴细胞，具有抗体依赖性细胞介导免疫的细胞*作用，激活后释出细胞*，造成甲状腺细胞的破坏。
治疗方法
1.静止淋巴细胞性甲状腺炎
暂时性疾病，病程仅数月;甲状腺功能亢进期应予以保守治疗，通常只需β-阻滞剂。抗甲状腺药物，外科和放射治疗是禁忌证。短暂期甲状腺功能减退可能需用甲状腺激素替代治疗。虽然某些可以是永久性甲状腺功能减退，但大多数甲状腺功能恢复正常，因此在6～12个月以后，要重新评估甲状腺功能。
2.亚急性甲状腺炎
较严重和迁延病例主张用皮质类固醇，24～48小时内全部症状消失。当甲状腺放射性碘元素吸取恢复正常，治疗终止。
3.急性甲状腺炎
局部早期宜用冷敷，晚期宜用热敷，全身给予抗菌素。有脓肿时应早期行切开引流，以免脓肿破入气管、食管、纵膈内。治疗包括用抗生素及局部切开引流。最好作穿刺液及血液培养，并作药物敏感试验，然后选择敏感的抗生素，这样消灭细菌更有效。甲状腺的炎症经过几天后有脓肿形成，因此必须作甲状腺脓肿的切开引流，以便有效清除脓液，局部的炎症才能尽早控制。
4.桥本甲状腺炎
对轻度甲状腺肿大而无症状者可不予治疗，应随访观察。甲状腺明显肿大或有甲状腺功能减低时，即使仅有血清TSH增高，应给予甲状腺制剂治疗。甲状腺肿大迅速，或伴有疼痛，或有压迫症状者，可短期应用糖皮质激素治疗。
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