1、总三碘甲腺原氨酸(TT3)
增高：甲亢高TBG血症，医源性甲亢，甲亢治疗中及甲减早期T3呈相对性增高；碘缺乏性甲状腺肿病人的TT4可降低，但TT3正常，亦呈相对性升高；T3型甲亢，部分甲亢患者TT4浓度正常，TSH降低，TT3明显增高。
降低：甲减，低T3综合征(见于各种严重感染，慢性心、肾、肝、肺功能衰竭，慢性消耗性疾病等)，低血症等。
2、总甲状腺素(TT4)
增高：甲亢，高TBG血症(妊娠，口服雌激素及口服避孕药，家族性)，急性甲状腺炎，亚急性甲状腺炎，急性肝炎，肥胖症，应用甲状腺激素时，进食富含甲状腺激素的甲状腺组织等。
降低：甲减，低TBG血症(肾病综合征，慢性肝病，蛋白丢失性肠病，遗传性低TBG血症等)，全垂体功能减退症，下丘脑”洌剧烈活动等。
3、游离三碘甲腺原氨酸(FT3)/游离甲状腺素(FT4)FT3含量对鉴别诊断甲状腺功能是否正常、亢进或低下有重要意义，对甲亢的诊断很敏感，是诊断T3型甲亢的特异性指标。
FT4测定是临床常规诊断的重要部分，作为甲状腺抑制治疗的监测手段。当怀疑甲状腺功能紊乱时，FT4和TSH常常一起测定。
4、促甲状腺激素(TSH)
增高：原发性甲减，异位TSH分泌综合征(异位H瘤)，垂体TSH瘤，亚急性甲状腺炎恢复期。
降低：继发性甲减，第三性(下丘脑性甲减，甲亢CTSH瘤所致者例外，EDTA抗凝血者的测得值偏低。
5、抗甲状腺球蛋白抗体(Anti-TG，TGA)
甲亢病人测得TGA阳性且滴度较高，提示抗甲状腺药物治疗效果不佳，且停药后易复发。甲状腺癌与TGA呈一定的相关性，阳性率可达13%-65%，TGA值的升高是肿瘤恶化的一种标志。
6、抗甲状腺微粒体抗体(Ani-TM，TMA)①甲亢：TGA、TMA均强阳性，TMA高于TGA，两种抗体均低于桥本氏甲状腺炎。部分患者治疗后TCA、TMA可转为阴性，但多数临床治愈的甲亢患者TGA、TMA长期测定弱阳性。因此应定期复査甲状腺功能,以防复发。
②桥本氏甲状腺炎、阿狄森氏病：TGA、TMA均表现强阳性,亦有少部分患者TMA强阳性,TGA弱阳性或阴性。亚甲炎患者两种抗体明显高于正常人，低于桥本氏甲状腺炎。
③原发性甲低症：TGA、TMA均阳性，但继发性甲低TCA、TMA阴性，用以鉴别继发性甲低。
④甲状腺癌：TGA增高明显。
⑤孕期自身免疫疾病：TGA、TMA均可增高。
7、抗甲状腺过氧化物酶抗体(Anti-TPO，TPOA)TPOA的主要临床应用：诊断桥本氏病(HD)和自身免疫性甲亢；*性弥慢性甲状腺肿Graves)监测免疫治疗效果；检测家族甲状腺疾病的发病可能预测孕妇产后甲状腺功能障碍的发生。
对原发性甲减患者，结合TSH升高，可以发现早期甲减病人。对可疑甲减患者，若TPOA升高，有助于原发和继发甲减的鉴别。HT患者，TPOA终生存在，如临床表现典型且TPOA持续高水平，可作为诊断依据确诊。
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