只有在出现甲状腺功能异常（甲亢或甲减）时，才进行相应的药物治疗。
目前没有针对桥本甲状腺炎的特效治疗方法。
如果甲状腺肿大特别明显，造成呼吸困难、吞咽困难等压迫症状，或者考虑伴有甲状腺恶性病变时，需要进行手术治疗。
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桥本甲状腺炎导致的甲亢，多数情况下只是暂时性的，一段时间后多可自行缓解。
桥本甲状腺炎导致的甲减，通常是永久性的，需要终生补充甲状腺素治疗。不过，治疗简单，病情稳定后无需频繁复查，规律用药，至少每半年复查一次就好，所以对生活影响很小。