特定的蛋白质会引起免疫系统应答。最知名的案例就是乳糜泻——麸质不耐受疾病。麸质是存在于小麦制品中的蛋白质，会损伤肠道，针对麸质不耐受人群，食用麸质会损害肠道吸收营养物质的能力，导致肠漏。
如果你有桥本甲状腺炎，一般来说都存在一定程度的麸质不耐受，你需要将它从你的饮食中移除。有一些桥本患者对奶制品中的酪蛋白和乳清蛋白不耐受，还有一些人对鸡蛋白和大豆蛋白不耐受。
麸质在一个人的饮食中的占比与自身免疫疾病的发展呈正相关，而且吃麸质的时间越长，越容易患自身免疫疾病。研究人员发现保持3-6个月的无麸质饮食可以去除器官特异性抗体，以桥本甲状腺炎为例，许多患者显示无麸质饮食后TPO抗体（甲状腺过氧化物酶抗体）会有明显下降，即使在其他生活方式还没有纠正的情况下。建议，所有患有自身免疫疾病的人群都要尝试无麸质饮食。
想要治疗自身免疫疾病，我们需要修复漏肠，而修复肠漏的第一步是控制和减少含有麸质食物的摄入。
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